因为枯草芽孢杆菌，在防治枯黄萎的病上，效果很好。它主要的原理是，拌种时拌入了芽孢杆菌，这些菌能够迅速占领有害菌的位置，在棉花根系周围大量繁殖，抢夺有害菌的食物，使有害菌无法生存，芽孢杆菌的竞争力是非常强的，尤其是它大量繁殖以后，能够占领领地，并且它们进入了棉花体内以后，能够增强棉花细胞壁的厚度，从而达到防御有害菌的入侵。打个比方，两军打战，我方城墙厚实，就能够更好的抵抗敌方入侵。如果拌种拌了枯草芽孢杆菌，在滴出苗水的时候，滴入腐植酸，防治效果会更好，因为腐植酸是这些有益菌的食物，有了食物了，有益菌繁殖能力就更强了。
其实枯黄萎病是属于一种土传病害，要想抑制枯黄萎病的发生，首先是要把自己的土地改良好，由于新疆地区种棉花，基本上都是连连重茬，这大大增加了发生枯黄萎病的几率。从1993年开始，新疆地区枯黄萎病发生的面积在逐年扩大。
土传病除了枯黄萎病以外，像根腐病，苗期的立枯病，猝倒病，都是土传病的表现。土传病，就是土地生了病。
不知道农户朋友有没有这种体会，发生根腐病，立枯病，枯黄萎病，即使我们滴入了乙蒜素、恶霉灵等等杀菌剂，这些病害的效果也并不好，感觉只是治标不治本。其实这就相当于，我们人的身体出了问题，像长痘痘什么的，只是身体出问题的一个外在表现，只单纯的在表面涂抹治痘痘，效果不是很明显，必须要从内外兼治。
土传病它是一种真菌性的病害，我们都知道真菌的繁殖能力是惊人的，真菌也是一种生物菌落，那么我们滴入芽孢杆菌，就是让他和这些土传病的真菌，抢占位置，芽孢杆菌刚才也介绍过，它的竞争力是惊人的，就相当于它是一个胖子，而土传病的真菌是一个瘦子，瘦子抢位置当然抢不过胖子了，枯草芽孢杆菌抢占了位置以后，有了腐植酸这样的吃的，它就能大量的生育繁殖，以致于这些土传病的真菌就没法过来繁殖感染棉花。就有效地起到防治枯黄萎病的效果。
针对如果后期已经发生的枯黄萎病的棉田，建议内外兼职，内调就是滴施生物菌剂（枯草芽孢杆菌或地衣芽孢杆菌）和腐植酸，外治就是喷施恶霉灵、乙蒜素的杀菌剂，也加入一些磷酸二氢钾一起喷施，这样可以有效地缓解枯黄病，使棉花能够正常市长。
腐植酸的使用方法就是滴出苗水的时候，随清水一起滴入就可以了。一般建议是500g-1000g。枯草芽孢杆菌，选择拌种的话，根据实际购买的产品，来选择用量，不同的产品，用量不一样，滴施的话就是和腐植酸一块随水滴入即可。
后期发生的病害，在拌种或者是苗期的时候，提前防治了，那么后期应该有一个较好的防治效果。很多病害，与其到了发生的时候，不如提前防治，这样能够有效地避免因为这些病害而带来的减产。