危害果蔬的三大菌类就是真菌、细菌和病毒，这些菌类会造成作物患上腐烂病、炭疽病、流胶病、灰霉病等，造成作物生长缓慢甚至死亡。不同类别的解决方案也不尽相同，要想对症下药，首先就要做到将作物几种病害区分开来。
真菌类病害有两个特症：
1、有病斑，不同形状的病斑。
2、病斑上有霉病物，或粉状物质；不同颜色，无臭味。
细菌类病害有四个特症：
1、叶片上病斑无霉状物或粉状物。病斑处易适明，而且很薄易破裂或串孔。
2、根茎叶易腐烂、有臭味。
3、果实上有疮痂，在果实表面有小突起。
4、根部维管束易变褐色。
病毒病病害类：
种类少、危害大，易得难治。病症主要表现在嫩叶上。
1、花叶病毒，叶片皱缩，黄绿相间，金黄易凹，深绿易凸，无病叶平展，叶眉扇形。
2、厥叶型，叶片细长，叶脉上冲，呈线状。
3、卷叶型，叶片扭曲，向水弯曲。
4、条斑型，在西红柿要成熟果实上，出现青白色，渐变铁锈色，不易着色，果实皮里肉外有褐色条纹。辣椒果尖部向上变黄色，在变黄部位出现短的褐色条纹。
部分作物常见真菌、细菌混发病害：黄瓜流胶病，果树流胶病，烟草黑胫病、柑橘褐腐病、葡萄白腐病等。例如黄瓜流胶病，会同时有灰霉、蔓枯、炭疽、黑星、丁香假单胞菌（细菌）等两种或者两种以上或者多种病菌同时侵染所致。
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